Après avoir mis un terme aux agissements du professeur Samovar (Radar le robot), renversé un dictateur esclavagiste (Spirou chez les pygmées) et révélé un trafic international d’hicoïne (Mystère à la frontière), Spirou décide de prendre des vacances dans un coin tranquille (3 p 1). Pour une fois, c’est l’aventure qui va venir à lui, et non l’inverse. Cela dit, lorsque des imprévus surviennent, il reste sur le site quand rien ne l’y oblige ; la réaction d’un homme normal, face aux événements de Champignac, serait de déguerpir en vitesse à la mer ou à la montagne. Le Spirou d’Il y a un sorcier à Champignac semble par conséquent à mi-chemin de son évolution : héros en période de relâche, il va défendre avant tout ses intérêts (en l’occurrence : ses vacances, sa tente, Fantasio) ; sauveur de l’humanité, il ne peut pas s’empêcher d’apporter son aide à des villageois complètement déstabilisés. L’histoire se déroule en trois temps, durant lesquels le héros manifeste progressivement les limites de son efficacité. Premier temps : la mutation des animaux, la disparition de Fantasio ; Spirou subit sans comprendre. Deuxième temps : la résolution des mystères, en la personne du comte. Troisième temps : le vol du produit X1 ; Spirou, pour faire oublier son impuissance du début, joue à nouveau son rôle de défenseur du monde, du mieux qu’il peut, en arrêtant le voleur.
Dès le début, le personnage principal ne croit pas à une malédiction. Au village, incapables de donner une explication tangible aux phénomènes qui se produisent, les esprits s’échauffent, recourent aux coutumes ancestrales : on évoque un "sorcier" (6 p 3), on trouve un bouc émissaire dans le bohémien récemment venu, on laisse éclater la violence ("Démolissez sa baraque !" "En prison !", 6 p 8), on lapide (7 p 31). A plusieurs reprises, les peurs, les instincts les plus primitifs s’expriment sans mesure, notamment dans la scène de la foule haineuse, armée de bâtons, de fourches, de pelles (7 et 8 p 14, 1 p 15). Paysan lui aussi, mais tenu à une réserve par sa fonction, le maire ressent la situation plus douloureusement que ses concitoyens : contraint de rester serein et digne, il essaie de calmer les consciences (4 et 5 p 14), mais ne peut s’empêcher de paniquer (3 p 13) - il se tient même le cœur par deux fois, 8 p 12, 1 p 13 -, il fait arrêter un innocent pour contenter l’opinion (2 p 9). On le voit soucieux à une terrasse de café (3 p 11). Impuissant à contrer le mouvement furieux de la masse, il finit par se demander : "Que faire ?" (4 p 15). Spirou n’est pas satisfait de ce type de comportement. Tout pourrait l’inciter à suivre les villageois en délire. Dès le premier soir, dans une ambiance fantastique, une rencontre a lieu : case 5 planche 4, la lune est cachée par de gros nuages noirs, le vent se lève, case 6 la pluie se met à tomber, case 7 l’orage éclate, case 8 on entend un bruit insolite, case 1 planche 5 un individu sort d’un buisson avec un lapin géant sur le dos. En moins de vingt-quatre heures, le héros est mis au courant des événements : d’abord un cochon bleu à pois noirs (4 p 3), puis une vache "qui donnait ses trente litres" qui se liquéfie à vue d’œil (7 p 3) avant de ressusciter (3 p 10), puis un escargot monstrueux (5 p 7). La tente de camping est démolie, renversée, sabotée (3 p 6). Le pays n’est guère accueillant. Mais Spirou refuse les jugements hâtifs : s’il "n’y comprend rien" (3 p 8), il ne tient pas à être un homme de plus qui "perd la raison" (2 p 4), il décide de "voir clair dans toute cette histoire" (1 p 8). En premier lieu, il remarque que des champignons bleus à pois noirs poussent dans le pré où paissait la première vache atteinte (8 p 3), des champignons qui réapparaissent dans le lait de la même vache, le lendemain (8 p 10), et qui ont servi de composants à un puissant soporifique utilisé pour neutraliser le personnel municipal (1 p 14). Les phénomènes n’ont donc pas une origine surnaturelle : ils sont provoqués par des champignons. Parallèlement, quand Spirou découvre sa tente démolie, une évidence s’impose : "Quelqu’un veut [le] chasser d’ici" (5 p 6). Refoulé à la porte du château où il tentait de trouver refuge, il conclut : "Quelqu’un là derrière essaye de [lui] faire peur"(4 p 7). Or, qui peut être ce "quelqu’un là derrière", sinon le comte ? Spirou n’hésite pas à interroger le discret septuagénaire (4 p 9), qui répond évasivement. Quand Fantasio est enlevé, de nouveaux champignons bleus à pois noirs, semés involontairement par le kidnappeur, conduisent directement au château (4 p 21) : plus de doute, le comte est seul responsable de ce qui arrive, et sera bien obligé de dévoiler ses expériences tôt ou tard - ce qu’il fait case 7 planche 24 : "Le “sorcier”, c’est moi. Les prodiges de Champignac sont mon œuvre".
On peut s’interroger sur les véritables motivations du comte. Pacôme Hégésippe Adélard de Champignac a-t-il des intentions bonnes ou mauvaises ? La réponse est délicate. Faire pousser des champignons immenses (6 p 22), donner aux lapins (1 p 5) ou aux escargots (5 p 7) une taille gigantesque, permettre aux vaches de produire une quantité énorme de lait (3 p 10) et aux poules une quantité énorme d’œufs (2 p 25), cela peut se révéler d’un grand secours pour les populations qui souffrent de la faim. Utiliser des champignons comme matière première pour éclairer (4 p 24), voilà un bon moyen de résoudre la crise du charbon et du pétrole. Et le X1, le produit qui permet d’acquérir une force miraculeuse, peut permettre aussi la réalisation de grands travaux civils sans le moindre effort et en un temps record. Mais quel intérêt y a-t-il à mettre au point un produit qui rend bleu avec des taches noires (4 p 3, 1 p 28) ? ou qui donne aux souris la grosseur d’un doberman (8 p 22) et aux vaches la grosseur d’un mouton (1 p 23) ? ou qui fait vieillir "de soixante-dix ans en une heure" (2 p 44) ? A quoi bon permettre à une vache de produire des quantités industrielles de lait et à une poule des quantités industrielles d’œufs si ce lait et ces œufs sont néfastes pour la santé (8 p 10, 3 p 25) ? Pourquoi réaliser un mélange qui permet de retrouver la jeunesse, si c’est pour le destiner aux tiroirs de l’Académie des Sciences (3 p 44), pour en priver le monde entier (le comte demande à Spirou de garder le secret sur sa découverte, 5 p 44) ? Non seulement les expériences du savant ne conduisent pas toutes à une réussite notoire, mais en plus les rares qui présentent une utilité sont vouées par lui au silence. La logique suivie est absurde : pour ses recherches, le comte s’est ruiné (4 p 25) au point d’être amené à se servir des animaux de Champignac comme cobayes, bien évidemment à l’insu de leurs propriétaires, et dès lors que ses recherches ont abouti, il décide de rembourser ses dettes (4 p 25, 4 p 34). En résumé, il a dilapidé l’argent des villageois pour réaliser un produit dont le seul but était de les indemniser. A la vérité, l’élégant solitaire est un grand enfant qui s’amuse. Son maintien aristocratique (5 p 9), ses avis distants ("Je suis surpris", 7 p 9 ; "Ce lait est impropre à la consommation", 1 p 11), cachent un turbulent premier de la classe. Son apparition à l’œil-de-bœuf du château (8 p 23), sa façon noble d’enfiler ses gants (3 et 4 p 34) témoignent d’un caractère altier qui cherche systématiquement la meilleure mise en scène. La fierté avec laquelle il avoue ses actes (7 p 24), le naturel avec lequel il annonce son futur succès ou son futur échec (7 p 27), sont des comportements d’un irresponsable. Le fond est bon : s’il a endormi le personnel de la mairie, c’est pour libérer le "bohémien injustement soupçonné" (7 p 24) ; et il veut absolument dédommager les "pauvres fermiers" (4 p 25) dont il a malmené le bétail. Mais son inconscience est totale. Il est un rêveur qui dort éveillé : il se déplace dans un tacot sans âge, il perd la mémoire (p 27 à 29, il ne retrouve plus ses éprouvettes), il témoigne de sa maladresse (8 p 28). A aucun moment on le voit porter un jugement positif ou négatif sur les malheurs qu’il provoque, s’inquiéter des conséquences possibles de ses trouvailles. Pour lui, la science demeure un jouet, une activité trouvant sa fin en soi ; peu importe l’éthique, les récupérations mauvaises, les contrecoups économiques et sociaux, seul compte le plaisir de la découverte. La science est son dieu ("Au nom de la science", s’écrit-il case 4 planche 31).
Spirou au contraire pressent immédiatement les dangers. Tandis que le comte s’émerveille de son invention ("Formidable ! Voici pour moi la récompense de toute une vie de recherches !", s’exclame-t-il case 6 planche 30, devant Fantasio qui détruit son château !), le héros s’inquiète : "Il serait terrible que ces produits tombent en de mauvaises mains" (5 p 44). C’est pourtant ce qui arrive dès la case suivante... Hercule, Valentino et Narcisse sont de pitoyables voleurs qui ne songent qu’à "ouvrir le ventre à tous les coffres-forts de la ville" (1 p 51). Le X1 va leur donner l’occasion de réaliser leur rêve. Grâce à ce sérum, Hercule "abat les murs et entre partout", il vole en une nuit "plus de soixante millions" (8 p 53). On le voit à l’œuvre cases 7, 8 et 9 planche 54 ; une brigade de policiers ne peut pas l’arrêter (1 p 56). "Une force comme ça", il était certain qu’on "serait tenté de mal s’en servir un jour ou l’autre" (6 p 37) : la catastrophe a eu lieu. Le comte pouvait bien s’imaginer que ses réalisations n’auraient que des fins pacifiques : des esprits pervers en ont décidé autrement.
Il y a un sorcier à Champignac possède de nombreux points communs avec L’affaire Tournesol. Comme Tintin, Spirou refuse le surnaturel. Les bris de verre à Moulinsart ne sont pas l’œuvre d’un génie malfaisant, mais relèvent d’une explication rationnelle : les ultrasons. De même, les mutations animales à Champignac ne sont pas l’œuvre d’un sorcier, elles relèvent aussi d’une explication rationnelle : les champignons. Le virus de la recherche s’est emparé du professeur Tournesol et du comte de Champignac, et les a conduits à des découvertes qui, mal utilisées, menacent l’ordre du monde. Dans les deux cas, le héros a renoncé à sauver l’humanité : s’il se lance dans l’aventure, c’est avant tout pour préserver sa tranquillité, ou pour sauver un proche. C’est parce que des coups de feu tirés dans le parc dérangent sa quiétude au retour d’une promenade, que Tintin s’interroge. De même, c’est parce que, comme dit le maire, "la nature est devenue folle" (5 p 11), et dérange la quiétude de ses vacances campagnardes, que Spirou s’interroge. Et peut-être que Tintin ne serait jamais parti en Bordurie si Tournesol n’avait pas été enlevé ; peut-être que Spirou n’aurait jamais franchi la porte du château de Champignac si Fantasio n’avait pas été également enlevé. Les deux albums se situent à un moment-clé dans l’évolution des deux héros. Tintin et Spirou sont à la fois positivistes, puisqu’ils rejettent toute explication d’origine supraterrestre et prétendent découvrir des causes matérielles à chacun des événements qu’ils subissent, et antipositivistes, puisqu’ils sont convaincus avec raisons du pouvoir néfaste de la science, un pouvoir qu’ils ne maîtrisent absolument pas. Ils s’engagent sans résoudre les problèmes : les deux histoires achevées, un autre savant pourra mettre au point une réplique de l’appareil à ultrasons, un autre savant pourra mettre au point un dérivé du X1. On doute que les deux aventuriers à houppette braveront encore le danger - sauf si, à nouveau, le calme du foyer ou la liberté d’un cher est menacée. On peut donc dire qu’en même temps personnages agissants et victimes, le Tintin de L’affaire Tournesol et le Spirou d’Il y a un sorcier à Champignac trahissent pareillement une confiance inquiète et une méfiance grandissante dans les hautes valeurs pragmatiques de naguère.